BETA

Bio-Linux: Μια διανομή ειδικευμένη στη βιοπληροφορική

Εικόνα constantinos

Βιοπληροφορική (bioinformatics) αποκαλείται ο επιστημονικός κλάδος ο οποίος προέκυψε από τη συνεργασία των επιστημών της μοριακής βιολογίας και της πληροφορικής. Θεωρώντας τα βιολογικά δεδομένα (DNA, RNA, πρωτεΐνες) ως ψηφιακή πληροφορία, εφαρμόζει αλγορίθμους για την επεξεργασία τους και την παραγωγή χρήσιμων συμπερασμάτων με αποδοτικό τρόπο. Συνήθως χρησιμοποιούνται μέθοδοι κλάδων της τεχνητής νοημοσύνης, όπως η εξόρυξη δεδομένων (π.χ. νευρωνικά δίκτυα, μπεϋζιανά δίκτυα κλπ) και ο εξελικτικός υπολογισμός (π.χ. γενετικοί αλγόριθμοι). Πιο συγκεκριμένα είναι ένα σύστημα οργάνωσης και ανάλυσης βιολογικών δεδομένων με τη χρήση ηλεκτρονικών υπολογιστών. Ένα σύστημα διαχείρησης πληροφοριών για τη μοριακή βιολογία, που επιτρέπει την ανάλυση πρωτεϊνών, γονιδίων και γονιδιωμάτων με τη χρήση αλγόριθμων και βάσεων δεδομένων. Αρχίζει να αναπτύσσεται τη δεκαετία του ‘90 και παρουσιάζει ραγδαία αύξηση την τελευταία δεκαετία, παράλληλα και με την ανάπτυξη του διαδικτύου. Στον 21ο αιώνα η βιολογία μεταμορφώνεται από μια επιστήμη καθαρά πειραματική σε μια επιστήμη πληροφοριών. Η πρόκληση είναι οι πληροφορίες αυτές να μετατραπούν σε γνώση.

Εφαρμογές της Βιοπληροφορικής:

Κύτταρο: Ταυτοποίηση, επιβεβαίωση & πρόγνωση βιομορίων Οργανισμός: Εξήγηση & πρόγνωση πειραματικών δεδομένων Δέντρο της Ζωής: Αποκαλύπτοντας τις λειτουργίες των γονιδιωμάτων & την εξέλιξη της ζωήςΣύγχρονες εφαρμογές της Βιοπληροφορικής Αποκωδικοποίηση, συναρμολόγηση και σχολιασμός του γονιδιώματος (genome sequencing/assembly/annotation) Πειράματα μεγάλης κλίμακας (π.χ. μικροσυστοιχίες) High-throughput analysis (microarrays) Μεταγράφωμα και πρωτέωμα (transcriptome/proteome) Δίκτυα αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών (protein interaction networks) Η ανάπτυξη του κλάδου της Βιοπληροφορικής βασίζεται στο συνδυασμό επιτευγμάτων σε:

  • πειραματικές μεθόδους
  • βάσεις βιολογικών δεδομένων
  • αλγόριθμους αναζήτησης και ανάλυσης

Η έρευνα στη Βιοπληροφορική εγείρει συχνά παρόμοια ερωτήματα και ανάλογα συναισθήματα. Ο ερευνητής κατακλύζεται από παρατηρήσεις, δεδομένα και βιολογική γνώση. Ανάμεσά τους, με σύμμαχο θεωρίες, μοντέλα, αλγορίθμους και προγράμματα, καθώς και τους πειθήνιους μηχανικούς δούλους μας, τους υπολογιστές, προσπαθεί να ξεχωρίσει την ήρα από το σιτάρι και να ανακαλύψει τον πολυμορφισμό που προκαλεί μια ασθένεια, το γονίδιο που ρυθμίζει την έκφραση κάποιου άλλου γονιδίου, την πρωτεΐνη που σηματοδοτεί ένα πρώιμο καρκίνο ή το μηχανισμό που οδηγεί ένα καρκινικό κύτταρο σε μετάσταση. Αυτό το σχετικά νέο γνωστικό πεδίο της εφαρμογής της Πληροφορικής στη Βιολογία και τη βιολογική έρευνα, η Βιοπληροφορική, είναι ένα πεδίο γεμάτο υποσχέσεις για σημαντικές εφευρέσεις και ανακαλύψεις από επιστημονική άποψη, ταυτόχρονα, όμως, και από ευκαιρίες για επιχειρηματικές δραστηριότητες και επαγγελματικές διεξόδους.

bio-linux_desktop

To Bio-Linux, είναι μια ειδικευμένη σε αυτή την επιστήμη, προσφέροντας περισσότερα από 500 προγράμματα βιοπληροφορικής σε ένα βασικό σύστημα Ubuntu based. Υπάρχει ένα γραφικό μενού για τα bioinformatics programs, καθώς και μια ακόμα σειρά πακέτων που χειρίζονται νέους τύπους δεδομένων της νέας γενιάς της βιοπληροφορικής.

Στην χρήση της και στην εγκατάσταση πρόσθετου λογισμικού είναι παραπάνω από εύκολη, καθώς βασίζεται στο Ubuntu και τις ευκολίες που αυτό έχει και η χρήση της έχει επεκταθεί σε εργαστήρια, επιστήμονες, καθώς και φοιτητές της συγκεκριμένης ειδικότητας.

>>> Δείτε το σχετικό λογισμικό που παρέχει.
DOWNLOAD

Μπορείτε να "κάψετε" τo iso της διανομής σε κάποιο δισκάκι η ακόμα και σε κάποιο usb stck (με το Unetbootin).
Ιστοσελίδα

Οι σχετικές πληροφορίες για την βιοπληροφορική, προέρχονται από την Δρ. Βασιλική (Λίλα) Κουμάντου (Μεταδιδακτορική συνεργάτης Τμήμα Βιολογίας Πανεπιστήμιο Αθηνών)

  • Σχόλια

0 Comments:

Scroll to Top